上海海洋大学图书馆前身是创建于1912年的吴淞水产学校图书室”，2008年5月6日正式改名为上海海洋大学图书馆。经过几十年的馆藏建设，已成为国内收藏水产科学文献历史悠久、学科门类齐全的图书馆之一，并被国内水产界视为水产科学文献的重要信息中心。2008年10月，图书馆随学校整体搬迁至临港新城沪城环路999号，原来的军工路校区图书馆和学海路校区图书馆重新合并。新馆所在的图文信息中心为校内高的标志性建筑，位于校园中心区域，馆舍总面积二万多平方米；采用借阅合一、师生合一的服务模式，借阅面积达八千平方米。图书馆下设办公室、资源建设部、借阅部、信息咨询部、读者服务部五个部门。目前上海海洋大学图书馆拥有国内外全文数据库十余个，电子图书数据库二个，读者可以在校园网内免费使用这些数据库。
